这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
双眼失明的少年库诺的目标，就是用水系魔术做出新的双眼。学习魔法仅仅五个月，就超越教师实力的库诺，在这前所未有的挑战中，更加绽放了才能！用魔力感知周遭的色彩、透过水系魔术的应用，制作出怀炉与敷布，甚至只用初级魔术就重现了一只猫──其技术与构思，连宫廷魔术师都瞠目结舌，实力受到赏识的库诺，就此成为拥有极致手艺的魔技师的弟子！？以好奇心开拓世界，天才少年的发明奇幻故事！
灰迴航一是個有過英雄夢，現在卻已放棄的平凡大學生。然而這樣的他，卻暗地裡穿著扮成歐爾麥特的服裝，假裝自己是職業英雄熱心助人並樂此不疲。過著一天天平凡日子的航一，有天卻遇上了未經許可在街頭辦演唱會的自稱偶像．POP☆STEP與自稱「專門清理垃圾的清道夫」的神秘面具男．手指虎，並捲了「義警團」的行動之中。以非法方式拯救人們的他們，是擾辭秩序的犯罪者，又或者是正義的自警團。「非法英雄」「義警團」的故事就此展開－!
