“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
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故事发生在热闹的蓝鲸市，桂宝（王云飞 配音）是一个半吊子科学家，成天发明的尽是一些稀奇古怪的玩意儿，惹出了不少的麻烦，也闹了许多笑话。因此，忍无可忍的市长颁布了禁令，禁止桂宝再搞发明。
当万圣节精神开始占据科尔沃的生活时，怪异的事情就开始发生了。
